登録区域のなかで最も標高の高い奄美大島の湯湾岳(標高694m)をはじめ、徳之島の井之川岳(標高645m)、沖縄島の与那覇岳(標高503m)、西表島の古見岳(497m)などでは、日射量が限られ空中湿度が高い雲霧林があり、蘚苔類や着生および地生のランやシダ植物等が生育する豊かな森林が形成されている。