国土交通省，国土数値情報（行政区域データ）.
【海底谷】
海上保安庁 海洋情報部 海底地形名リスト. http://www1.kaiho.mlit.go.jp/KOKAI/ZUSHI3/topographic/topographic.htm
【海山】
海上保安庁,海洋情報部海底地形名リスト.
http://www1.kaiho.mlit.go.jp/KOKAI/ZUSHI3/topographic/topographic.htm
【海溝（水深データ）】
Satellite Geodesy at the Scripps Institution of Oceanography, University of California San Diego/SRTM30_PLUS. http://topex.ucsd.edu/WWW_html/srtm30_plus.html
Becker, J. J., D. T. Sandwell, W. H. F. Smith, J. Braud, B. Binder, J. Depner, D. Fabre, J. Factor, S. Ingalls, S-H. Kim, R. Ladner, K. Marks, S. Nelson, A. Pharaoh, G. Sharman, R. Trimmer, J. vonRosenburg, G. Wallace, P. Weatherall., Global Bathymetry and Elevation Data at 30 Arc Seconds Resolution: SRTM30_PLUS, Marine Geodesy, 32:4, 355-371, 2009.
Smith, W. H. F., and D. T. Sandwell, Global seafloor topography from satellite altimetry and ship depth soundings, Science, v. 277, p. 1957-1962, 26 Sept., 1997.
Amante, C. and B. W. Eakins, ETOPO11 Arc-Minute Global Relief Model: Procedures, Data Sources and Analysis. NOAA Technical Memorandum NESDIS NGDC-24, 19 pp, March 2009.
【海底地形（海底谷、海山等）】
海上保安庁 海洋情報部 海底地形名リスト. http://www1.kaiho.mlit.go.jp/KOKAI/ZUSHI3/topographic/topographic.htm
徳山英一・本座栄一・木村政昭・倉本真一・芦 寿一郎・岡村行信・荒戸裕之・伊藤康人・徐 垣 ・日野亮太・野原 壯・阿部寛信・坂井眞一・向山建二郎：日本周辺海域の中新世最末期以降の地質構造発達史、海洋調査技術、13、1、別添CD-ROM,(2001) .
三澤良文・門田真人・松井繁貴. 2007. 駿河湾東部大陸斜面の海底地形地質と伊豆半島の基盤地質. 東海大学海洋研究所研究報告. 28: 1-12.
Rex MA, 1973: Deep-sea species diversity: decreased gastropod diversity at abyssal depths, Science 181:1051–1053.
Rex MA, 1976: Biological accommodation in the deep-sea benthos: comparative evidence on the importance of predation and productivity, Deep-Sea Res 23:975–987.
藤倉克則、奥谷喬司、丸山正編著. 2008. 潜水調査船が観た深海生物 深海生物研究の現在. 東海大学出版会. 512pp.
岩崎望．2008. 「珊瑚の文化誌」-宝石サンゴをめぐる科学・文化・歴史 東海大学出版会pp364.
海上保安庁水路部、日本海洋データセンター監修．1985．海底地形鳥瞰図集 日本海洋データセンター設立20周年記念 日本水路協会（非売品）pp111.
三澤良文、門田真人、松井繁貴．2007．駿河湾東部大陸斜面の海底地形地質と伊豆半島の基盤地質，東海大学海洋研究所研究報告，第28 号，1-12.
宮里聡一、清野聡子、田井明、波田安徳、細井尉佐義. 2012. 対馬沿岸における海洋保護区の設定手法の基礎的検討，土木学会論文集B3 （海洋開発），Vol.68(No.2)，pp.Ⅰ_534-539.
向井宏、長谷山則夫. 1976. タカアシガニ研究の現状．ベントス研連誌11/12.
Nonaka, M. and M. Katherine. 2009. Recent harvest records of commercially valuable precious corals in the Ryukyu Archipelago. Mar. Ecol. Prog. Ser. 397: 269–278.
野中忠、岩橋義人. 1987. タカアシガニ漁業の現状とその課題，水産増殖，35巻1号，21-26.東京大学海洋研究所 航海レポート.
奥谷喬司（編）. 2000. 日本近海産貝類図鑑. 東海大学出版会, 東京. 1173pp.
鈴木克美. 1991. ものと日本の文化史９１・珊瑚 第4章宝石サンゴの近代史.
徳山英一、本座栄一、木村政昭、倉本真一、芦 寿一郎、岡村行信、荒戸裕之、伊藤康人、徐垣、日野亮太、野原壯、阿部寛信、坂井眞一、向山建二郎. 2001. 日本周辺海域の中新世最末期以降の地質構造発達史、海洋調査技術、13、1、別添CD-ROM.
対馬市海洋保護区科学委員会報告書 http://www.city.tsushima.nagasaki.jp/web/updata/houkokusho.pdf.
【魚類】
水産庁編. 2000. 日本の希少な野生水生生物に関するデータブック.466pp.
仲谷一宏. 2011. SHARK サメ―海の王者たち― 株式会社ブラックマン社. 237pp.
松浦啓一氏（国立科学博物館）提供資料（魚類固有種リスト）.
OBIS、GBIFデータ（※）
【十脚目（甲殻類）等】
駒井智幸氏（千葉県立中央博物館）提供資料（固有種リスト、分布情報）.
OBIS、GBIFデータ（※）
【ウミグモ類】
Nakamura K, Child CA. 1991. Pycnogonida from waters adjacent to Japan. Smithsonian Contributions to Zoology 512: 1-74.
Nakamura K, Child CA. (1983) Shallow-water Pycnogonida from the Izu Peninsura, Japan. Smithsonian Contributions to Zoology 386:1-71 .
OBIS、GBIFデータ（※）
【刺胞動物類（八放サンゴ類、宝石サンゴ類、ソギンチャク類】
Imahara Yukimutsu. 1996. Previously Recorded Octocorals from Japan and Adjacent Seas. Precious Corals & Octocoral Research 4-5: 17-44.
岩崎望. 2008.「珊瑚の文化誌」-宝石サンゴをめぐる科学・文化・歴史 東海大学出版会. 364 pp.
柳研介氏（千葉県立中央博物館分館 海の博物館）提供資料（固有種のリスト）.
Hajime Hiyagon and Yuji Sano. 2005. Deep-sea coral geochemistry: Implication for the vital effect. Chemical Geology, 224: 212-222.
Kotaro Shirai, Minoru Kusakabe, Shunichi Nakai, Teruaki Ishii, Tsuyoshi Watanabe, Hajime Hiyagon and Yuji Sano, 2005: Deep-sea coral geochemistry: Implication for the vital effect. Chemical Geology, 224: 212-222.
IUNC Red List: IUCN. 2012. The IUCN Red List of Threatened Species. (http://www.iucnredlist.org/)
OBIS、GBIFデータ（※）
【軟体動物類（腹足類、二枚貝類、頭足類）】
国立科学博物館（窪寺恒己、藤倉克則監修）．2013. 特別展 深海－挑戦の歩みと驚異の生きものたち－.
奥谷喬司（編）. 2000. 日本近海産貝類図鑑. 東海大学出版会, 東京. 1173pp.
藤倉克則、奥谷喬司、丸山正編著. 2008. 潜水調査船が観た深海生物 深海生物研究の現在. 東海大学出版会. 512pp.
IUNC Red List: IUCN. 2012. The IUCN Red List of Threatened Species. (http://www.iucnredlist.org/)
OBIS、GBIFデータ（※）
※OBIS (Ocean Biogeographic Information System): OBIS. 2012. Data from the Ocean Biogeographic Information System. Intergovernmental Oceanographic Commission of UNESCO. (http://www.iobis.org.)
※GBIF (The Global Biodiversity Information Facility )data portal. (www.gbif.org/)