| 平成１３年度末に策定予定の新生物多様性国家戦略を踏まえ、自然環境に関する各分野の施策に生物多様性保全の観点を強く組み込んでいくとともに、失われた自然の再生等を図り、自然と共生する社会の実現を目指します。
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（１）自然共生型社会実現のための基盤整備
新たな生物多様性国家戦略に沿った施策の推進に向けて、里山の保全・再生活動への各府省の連携、地元自治体やNPO等の参加のための体制づくりを行うとともに、国際協力による「ミレニアム生態系評価」と連携し、地球規模での生態系管理の高度化に貢献します。
| 【主な予算措置】 | 百万円 | 百万円 |
| ・ | （新)市民参加型自然再生活動推進モデル事業 | １００ | ( ０) |
| ・ | （新)ミレニアム生態系評価との連携経費 | ５８ | ( ０) |
（２）自然再生事業による自然環境の再生
生物多様性保全の観点から望ましい自然環境を積極的に確保するため、関係省庁と連携し、地方自治体・専門家・ＮＰＯ等の参画も得つつ、失われた自然を再生するための調査や事業を推進します。
| 【主な予算措置】 | 百万円 | 百万円 |
| ・ | 自然公園等事業 | １４，６８７ | (１７，００２) |
| うち | ・（新)自然再生基本調査 |
| ・（新)自然再生推進計画調査 |
| ・（新)自然再生整備事業 |
| ・（新)ふるさと自然再生事業 |
| ３０ | ( ０) |
| ５１８ | ( ０) |
| ４００ | ( ０) |
| ２０ | ( ０) |
| ・ | （新)市民参加型自然再生活動推進モデル事業（再掲） | １００ | ( ０) |
（３）国立公園等の生態系保全の強化
すぐれた自然を有する国立公園について、生物多様性保全の観点から生態系保全の機能を強化するため自然公園法の改正案を提出します。また、国立公園等において生態系の保全管理手法を導入するとともに、地域との協力により管理の充実を図ります。
| 【主な予算措置】 | 百万円 | 百万円 |
| ・ | （新)生態系特定管理モデル事業 | ３４ | (
０) |
| ・ | 国立公園等民間活用特定自然環境保全活動（グリーンワーカー）事業 | １００ | ( １００) |
| 【主な税制措置】 |
| ・ | 「保全協定」（仮称）（自然公園法での規定を予定）が締結された自然公園内の民有地について以下の措置を新設。
1)相続税負担の軽減措置（法案の内容に従って軽減措置について調整）
2)特別土地保有税の非課税措置 |
（４）健全な水循環の確保
モデル水循環計画の策定、生態系の微妙なバランスの上に成り立っている浅海域の保全方策や湖沼の水質保全対策の検討等により、水域生態系の保全、健全な水循環の確保を進めます。
| 【主な予算措置】 | 百万円 | 百万円 |
| ・ | （新)水域水循環計画策定等調査 | ４６ | ( ０) |
| ・ | （新)有明海等浅海域環境定量評価手法検討調査 | ２０ | ( ０) |
| ・ | （新)湖沼水質保全対策・総合レビュー検討調査 | ３１ | ( ０) |
| ・ | （新)第３回世界水フォーラム閣僚級国際会議開催経費（再掲） | １９ | ( ０) |
| ・ | 合併処理浄化槽の整備促進（再掲） | １５，６６０ | (１７，４００) |
| うち | ・特定地域生活排水処理事業について、新規事項として[1]地域要件の緩和（自然公園）、[2]合併処理浄化槽と農業集落排水施設との連携モデル事業の実施に際しての調査費、[3]ＰＦＩ事業の活用を加えて拡充を図る。（再掲） |
（５）人といきものとの共生
希少野生動植物の保護、野生鳥獣の適正な保護管理、遺伝子組換え体を含む移入生物への対策、地域社会と一体となった野生生物保全の取組を推進することなどにより、各地域でそれぞれ豊かで安定的な生態系を保全していきます。
鳥獣保護及狩猟ニ関スル法律について、障害者に係る欠格条項の見直し等の改正案を提出します。
また、人と愛護動物とが共生できる社会の実現に向け、適正な飼養や保管を徹底します。
| 【主な予算措置】 | 百万円 | 百万円 |
| ・ | （新)野生生物専門家活用事業費 |
３０ | ( ０) |
| ・ | 希少野生生物と共生する地域社会づくりモデル事業 | ３６ | ( ２５) |
| ・ | 我が国における移入生物対策費 |
６９ | ( ４０) |
| ・ | 動物の適正飼養推進事業費 | １２ | ( ０) |