瀬戸内海における赤潮の発生状況を見ると、昭和51年(299件）まで年々増加の傾向にあったが、それ以降は減少している。しかし、現在なお毎年100件前後の赤潮の発生が確認されており、平成20年には116件の発生が確認された。赤潮の発生実件数と赤潮発生海域を下記に示す。

　赤潮の発生に伴う漁業被害は、昭和47年７月（養殖ハマチ1,400万尾へい死、被害金額71 億円）、52年８月（養殖ハマチ330万尾へい死、被害金額30億円）、53年７月（養殖ハマチ280万尾へい死、被害金額33億円）、57年８月（養殖ハマチ38万尾へい死、被害金額８億円）及び62年８月（養殖ハマチ135万尾へい死、被害金額16億円）には播磨灘、また、平成10年８月（養殖マガキ8,518万枚へい死、被害金額39億円）には安芸灘を中心として、大規模な漁業被害が発生した。

赤潮の発生実件数

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出典：「瀬戸内海の赤潮」（水産庁瀬戸内海漁業調整事務所、平成20年１～12月）

過去の赤潮発生海域図