里地里山は、集落を取り巻く二次林と人工林、農地、ため池、草原等を構成要素としており、人為による適度なかく乱によって特有の環境が形成・維持され、固有種を含む多くの野生生物を育む地域となっています。
このような里地里山の環境は、人々の暮らしに必要な燃料、食料、資材、肥料等の多くを自然から得るために人が手を加えることで形成され、維持されてきました。しかし、戦後のエネルギー革命や営農形態の変化等に伴う森林や農地の利用の低下に加え、農林水産業の担い手の減少や高齢化の進行により里地里山における人間活動が急速に縮小し、その自然の恵みは利用されず、生物の生息・生育環境の悪化や衰退が進んでいます。こうした背景を踏まえ、環境省ウェブサイト等において地域や活動団体の参考となる里地里山の特徴的な取組事例や重要里地里山500「生物多様性保全上重要な里地里山」について情報を発信し、他の地域への取組の波及を図りました。さらに、地域に散在する木質バイオマス資源を活用することにより森林等の保全・再生を図るため、森林等に賦存するバイオマス資源を持続的に活用することを目標とした地方公共団体が行う計画策定に対して支援を行いました。
特別緑地保全地区等に含まれる里地里山については、土地所有者と地方公共団体等との管理協定の締結による持続的な管理や市民への公開等の取組を推進しました。
棚田や里山といった地域における人々と自然との関わりの中で形成されてきた文化的景観の保存活用のために行う調査、保存計画策定、整備、普及・啓発事業を補助する文化的景観保護推進事業を実施しました。
里海に係る取組は、第4章第4節3（3）オを参照。
第1節3（1）を参照。
長期的ビジョンに立った鳥獣の科学的・計画的な保護及び管理を促し、都道府県における鳥獣保護管理行政の基本的な事項を定めた、鳥獣保護管理法に基づく「鳥獣の保護及び管理を図るための事業を実施するための基本的な指針」（以下「基本指針」という。）の改定を行い、2016年10月に第12次基本指針として策定しました。2017年4月を始期とする第12次基本指針では、鳥獣の管理の強化に伴う懸念への対応、捕獲情報等を収集する体制整備等の項目が新たに追加されました。
具体的には、全国的に指定管理鳥獣の管理が強化される中で、鉛製銃弾の使用に伴う鳥類の鉛中毒症例の増加等が懸念されるため、現状を科学的に把握するための効果的なモニタリング体制を構築することとしました。また、わなの使用に伴う錯誤捕獲の増加も懸念され、特に、指定管理鳥獣捕獲等事業においては、錯誤捕獲の情報を可能な限り収集し、その対策に活用することとしました。なお、鳥獣の保護及び管理は不確実性を有する自然を対象に取り扱うものであり、科学的かつ計画的な目標の設定を行いながら、順応的に見直していく必要があることから、国土全体の鳥獣の保護及び管理の状況を把握するため、最低限収集すべき情報の全国的な規格化を進め、捕獲される全ての鳥獣種の捕獲情報を収集する情報システムの整備を図ることとしており、2017年度から順次運用を開始しております。
都道府県における第一種特定鳥獣保護計画及び第二種特定鳥獣管理計画の作成促進や鳥獣の保護及び管理のより効果的な実施を図るため、特定鳥獣5種（イノシシ、ニホンジカ、クマ類、ニホンザル、カワウ）の保護及び管理に関する検討会のほか、都道府県職員等を対象とした研修会を開催しました。
都道府県による科学的・計画的な鳥獣の管理を支援するため、統計手法を用いて、ニホンジカ及びイノシシの個体数推定及び将来予測を実施しました。
カワウの広域的な保護管理のため、東北、関東、中部近畿、中国四国の各地域において、広域協議会又は連絡会を開催し、関係者間の情報の共有等を行いました。また、関東山地におけるニホンジカ広域協議会では、実施計画（中期・年次）に基づき、関係機関の連携の下、各種対策を推進しました。絶滅のおそれのある地域個体群である四国山地のツキノワグマについては、広域協議会が設置されました。
渡り鳥の生息状況等に関する調査として、鳥類観測ステーション等における鳥類標識調査、ガンカモ類の生息調査等を実施しました。また、出水平野（鹿児島県）に集中的に飛来するナベヅル、マナヅル等の保護対策として、生息環境の保全、整備を実施するとともに、新たな越冬地の形成等を図るための事業を実施しました。
悪化した鳥獣の生息環境や生息地の保護及び整備を図るため、6か所の国指定鳥獣保護区において保全事業を実施しました。
野生生物保護についての普及啓発を推進するため、愛鳥週間（毎年5月10日から5月16日）行事の一環として静岡県において第71回愛鳥週間「全国野鳥保護のつどい」を開催したほか、第52回目となる小・中学校及び高等学校等を対象として野生生物保護の実践活動を発表する「全国野生生物保護実績発表大会」等を開催しました。
侵入防止柵の設置、捕獲活動や追払い等の地域ぐるみの被害防止活動、捕獲鳥獣の食肉（ジビエ）利用の取組等の対策を進めるとともに、鳥獣との共存にも配慮した多様で健全な森林の整備・保全等を実施しました。また、シカによる森林被害が深刻な地域において、広域的な捕獲のモデル的な実施等に対して支援しました。さらに、トドによる漁業被害防止対策として、出現状況等の調査や改良漁具の実証試験等を行いました。
2004年以降、野鳥及び家きんにおいて、高病原性鳥インフルエンザウイルスが確認されていることから、「野鳥における高病原性鳥インフルエンザに係る対応技術マニュアル」（以下「マニュアル」という。）に基づき、渡り鳥等を対象として、ウイルス保有状況調査を全国で実施し、その結果を公表しました。なお、上記マニュアルは、2016年11月から2017年3月にかけて、野鳥における高病原性鳥インフルエンザが過去最大の確認件数となったことを受け、監視体制の効率化も踏まえた高病原性鳥インフルエンザウイルスの早期発見等を目的として、2017年10月に改訂を実施しました。2017年11月以降、国内の野鳥において、高病原性鳥インフルエンザウイルス（H5N6亜型）が確認されていることから、マニュアルに基づき、野鳥監視重点区域の指定、野鳥緊急調査チームの派遣等による野鳥の監視の強化を実施しました。
人工衛星を使った渡り鳥の飛来経路に関する調査や国指定鳥獣保護区等への渡り鳥の飛来状況について環境省ウェブサイトを通じた情報提供を行うなど、効率的かつ効果的に対策を実施しました。さらに、その他の野生鳥獣が関わる感染症について情報収集、発生時の対応の検討等を行いました。
国家戦略及び「農林水産省生物多様性戦略（平成24年2月改定）」に基づき、［1］田園地域・里地里山の保全（環境保全型農業直接支払による生物多様性保全に効果の高い営農活動に対する直接支援等）、［2］森林の保全（適切な間伐等）、［3］里海・海洋の保全（生態系全体の生産力の底上げを目指した漁場の整備等）など、農林水産分野における生物多様性の保全や持続可能な利用を推進しました。
企業等による生物多様性保全活動への支援等について取りまとめた農林漁業者及び企業等向け手引及びパンフレットを活用し、農林水産分野における生物多様性保全活動を推進しました。
水田や水路、ため池等の水と生態系のネットワークの保全のため、地域住民の理解・参画を得ながら、生物多様性保全の視点を取り入れた農業生産基盤の整備を推進しました。また、生態系の保全に配慮しながら生活環境の整備等を総合的に行う事業等に助成し、農業の有する多面的機能の発揮や魅力ある田園空間の形成を促進しました。さらに、農村地域の生物や生息環境の情報を調査・地理情報化し、生態系に配慮した水田や水路等の整備手法を構築するなど、生物多様性を確保するための取組を進めました。
生物多様性等の豊かな地域資源を活かし、農山漁村を教育、観光等の場として活用する集落ぐるみの取組を支援しました。
持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律（平成11年法律第110号）に基づき、土づくりと化学肥料・化学合成農薬の使用低減に一体的に取り組む農業者（エコファーマー）の普及推進を図るとともに、有機農業の推進に関する法律（平成18年法律第112号）に基づく有機農業の推進に関する基本的な方針の下で、生産技術力の強化、産地の販売企画力の強化、販路拡大等に関する支援を行いました。
第4節2を参照。
第4節5を参照。
レッドリストについては、2015年度以降、生息状況の悪化等によりカテゴリーの再検討が必要な種について、時期を定めず必要に応じて個別に見直しを行うこととしており、2017年3月には陸域生物13分類群の一部の種についてカテゴリーを見直した「レッドリスト2017」を公表し、我が国の絶滅危惧種は3,634種となりました。このことから、海洋生物レッドリスト（2017年3月公表）における絶滅危惧種56種を加えると、我が国の絶滅危惧種の総数は3,690種となりました。
なお、2012年度に公表した第4次レッドリスト掲載種の分布や生態、減少要因等を紹介した「レッドデータブック2014」を2014年度に取りまとめています。
種の保存法に基づく国内希少野生動植物種については、2017年9月に鳥類3種を指定するとともに、オオタカの指定を解除しました。また、2018年2月には、昆虫類3種、陸産貝類2種、植物44種の指定を行い、2018年3月時点で259種の国内希少野生動植物種について、捕獲や譲渡し等の規制を行っています。そのうち64種について51の保護増殖事業計画を策定し、生息地の整備や個体の繁殖等の保護増殖事業を行っています（図2-3-1）。また、同法に基づき指定している全国9か所の生息地等保護区において、保護区内の国内希少野生動植物種の生息・生育状況調査、巡視等を行いました。
ワシントン条約及び二国間渡り鳥条約等に基づき、国際的に協力して種の保存を図るべき790分類を国際希少野生動植物種に指定しています。
絶滅のおそれのある野生動植物の保護増殖事業や調査研究、普及啓発を推進するための拠点となる野生生物保護センターを、2018年3月末時点で8か所で設置しています。
特にトキについては、2017年に野生下において77羽が無事巣立ち、6年連続となる野生下での繁殖成功となりました。そのうち、野生下で誕生したトキ同士のペアから15羽のヒナが巣立ちました。また、「トキ野生復帰ロードマップ2020」の目標である「2020年頃までに220羽のトキが佐渡島に定着する」ことに向けた取組を実施し、2018年3月末時点で、野生下において286羽の生存が確認（うち186羽以上が佐渡島で1年以上生存している定着個体）されました。なお、2016年に引き続き、2017年6月と9月に合計37羽を放鳥しました。
ライチョウについては、2015年から乗鞍岳で採取した卵を用いて飼育・繁殖技術確立のための取組を行っており、2017年6月に我が国としては19年ぶりのふ化が富山市ファミリーパークで確認されました。2018年3月末時点で、4施設において26羽が成育中です。そのほか、特に生息環境の悪化している南アルプスの北岳において、ヒナの生存率を高めるため、ケージでの保護や捕食者の捕獲等の対策を実施しました。
猛禽（きん）類の採餌環境の創出のための間伐の実施等、効果的な森林の整備・保全を行いました。
沖縄島周辺海域に生息するジュゴンについては、定置網にかかったジュゴンを想定したレスキュー訓練や生息状況調査、地域住民への普及啓発を進めるとともに、地元関係者等との情報交換等を実施しました。
トキ、ツシマヤマネコ、ヤンバルクイナ、ライチョウなど、絶滅の危険性が極めて高く、本来の生息域内における保全施策のみでは近い将来種を存続させることが困難となるおそれがある種について、飼育下繁殖を実施するなど生息域外保全の取組を進めています。
2014年に公益社団法人日本動物園水族館協会と環境省との間で締結した「生物多様性保全の推進に関する基本協定」に基づき、引き続き、ツシマヤマネコ、ライチョウ、アマミトゲネズミ等の生息域外保全に取り組んでいます。個別の動物園ではなく協会全体として取り組んでもらうことで、動物園間のネットワークを活用した一つの大きな飼育個体群として捉えて計画的な飼育繁殖を推進することが可能となっています。
絶滅危惧植物についても、2015年に公益社団法人日本植物園協会との間で締結した「生物多様性保全の推進に関する基本協定書」に基づき、生息域外保全や野生復帰等の取組について、一層の連携を図っています。さらに、新宿御苑においては、絶滅危惧植物の種子保存を実施しています。
マングースやアライグマ、オオクチバス等の既に国内に侵入し、地域の生態系へ悪影響を及ぼしている外来種の防除や、ヒアリやツマアカスズメバチ、オオバナミズキンバイ等の近年国内に侵入した外来種の緊急的な防除を行いました。加えて、全国に分布するアカミミガメについての防除手法の検討等を進めました。また、外来種被害予防三原則（「入れない」、「捨てない」、「拡げない」）について、多くの人が理解し、行動につなげられるよう、外来種問題に関するパネルやウェブサイト等での普及啓発を実施しました。
生態系被害防止外来種リストの策定を受けて、シリアカヒヨドリなど14種類を特定外来生物に指定しました（詳細は第1節3（3）を参照）。
生物の多様性に関する条約のバイオセーフティに関するカルタヘナ議定書（以下「カルタヘナ議定書」という。）を締結するための国内制度として定められた遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律（平成15年法律第97号。以下「カルタヘナ法」という。）に基づき、2018年3月末時点で389件の遺伝子組換え生物の環境中での使用が承認されています。また、日本版バイオセーフティクリアリングハウスを通じて、法律の枠組みや承認された遺伝子組換え生物に関する情報提供を行ったほか、主要な三つの輸入港周辺の河川敷において遺伝子組換えナタネの生物多様性への影響監視調査等を行いました。
医薬品の開発や農作物の品種改良など、遺伝資源の価値は拡大する一方、世界的に見れば森林の減少や砂漠化の進行等により、多様な遺伝資源が減少・消失の危機に瀕（ひん）しており、貴重な遺伝資源を収集・保存し、次世代に引き継ぐとともに、これを積極的に活用していくことが重要となっています。
農林水産分野では、農業生物資源ジーンバンク事業等により、関係機関が連携して、動植物、微生物、DNA、林木、水産生物等の国内外の遺伝資源の収集、保存、評価等を行っており、植物遺伝資源22万点を始め、世界有数のジーンバンクとして利用者への配布・情報提供を行いました。また、海外から研究者を受け入れ、遺伝資源の取引・運用制度に関する理解促進や保護と利用のための研修等支援を行いました。
新品種の開発に必要な海外遺伝資源の取得や利用を円滑に進めるため、遺伝資源保有国における遺伝資源に係る制度等を調査するとともに、入手した各国の最新情報等について、我が国の遺伝資源利用者に対し周知活動等を実施しました。
ライフサイエンス研究の基盤となる研究用動植物等の生物遺伝資源について、「ナショナルバイオリソースプロジェクト」により、大学・研究機関等において戦略的・体系的な収集・保存・提供等を行いました。また、「大学連携バイオバックアッププロジェクト」により、途絶えると二度と復元できない実験途上の貴重な生物遺伝資源を広域災害等から保護するための体制を強化し、受入れを行いました。
独立行政法人製品評価技術基盤機構を通じた資源保有国との生物多様性条約の精神にのっとった国際的取組として、資源保有国への技術移転、我が国の企業への海外の微生物資源の利用機会の提供等を行いました。
我が国の微生物等に関する中核的な生物遺伝資源機関である独立行政法人製品評価技術基盤機構バイオテクノロジーセンター（NBRC）において、生物遺伝資源の収集、保存等を行うとともに、これらの資源に関する情報（分類、塩基配列、遺伝子機能等に関する情報）を整備し、生物遺伝資源と併せて提供しました。
動物の愛護及び管理に関する法律（昭和48年法律第105号。以下「動物愛護管理法」という。）に基づき、ペットショップ等の事業者に対する規制を行うとともに、動物の適正な飼養に関する幅広い普及啓発を展開することで、動物の愛護と適正な管理の推進を図ってきました。
動物愛護管理法に基づいて定める、動物の愛護及び管理に関する施策を総合的に推進するための基本的な指針（平成18年環境省告示第140号。以下「基本指針」という。）においては、2023年度までに都道府県等に引き取られる犬猫の数を、2004年度に比べ75％減となるおおむね10万頭を目指すとともに、引きとられた犬猫の殺処分率の更なる減少を図ることとしています。2016年度には都道府県等に引き取られた犬猫の数は2004年度に比べ約73％減少し、引き取られた犬猫の返還・譲渡率は50％を超えました。殺処分数は毎年減少傾向にあり、約6万頭（2004年度比約86％減）まで減少しました（図2-3-2）。さらに、基本指針において実験動物の適切な取扱いの推進のため、実験動物の飼養及び保管並びに苦痛の軽減に関する基準（平成18年環境省告示第88号）の周知が求められていることから、2017年12月に当該基準の解説書を作成しました。
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犬猫の殺処分をできる限り減らしていくため、2014年に発表した「人と動物が幸せに暮らす社会の実現プロジェクト」のアクションプランに基づくモデル事業を、全国16の自治体において実施しました。
都道府県等が引き取った収容動物の譲渡及び返還を促進するため、都道府県等の収容・譲渡施設の整備に係る費用の補助を行いました。また、効果的な飼い主教育及び適正な譲渡に関する自治体の取組を推進することを目的に、自治体向けの動物適正飼養・適正譲渡講習会を実施するとともに、愛がん動物用飼料の安全性の確保に関する法律（ペットフード安全法）（平成20年法律第83号）について普及啓発を行いました。
広く国民に人とペットの災害対策について啓発するため、関係行政機関や団体との協力の下、「ペットも守ろう！防災対策」をテーマに、上野恩賜公園等で動物愛護週間中央行事を開催したほか、多くの関係行政機関等においても様々な行事が実施されました。
2016年4月に発生した熊本地震での対応経験を踏まえ、人とペットの災害対策ガイドラインの改訂及びシンポジウムを実施し、自治体や獣医師会等と連携した対策や広域的な支援について広く周知を図りました。
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