平成22年5月に公表した生物多様性総合評価（JBO）に引き続き、平成24年度までに国土全体の生物多様性の状態や変化の状況を空間的に把握するため、生物多様性評価の地図化を行いました。作成した地図は、優先的に保全・再生を行うべき地域の抽出など国や地方公共団体の政策決定のための基礎資料や、生物多様性の現状を国民にわかりやすく伝えるためのツールとして活用していきます。このため、多様な主体が利用できるよう、平成25年6月からホームページで成果を公表するとともに、GISデータ等を提供しています（http://www.biodic.go.jp/biodiversity/activity/policy/map/（別ウィンドウ））。また、多様な主体がそれぞれの地域で生物多様性評価の地図化を行う際の技術的な参考資料となるよう、基礎的な知識、手法、自治体等における既存の活用事例等を整理しました。
我が国では、全国的な観点から植生や野生動物の分布など自然環境の状況を面的に調査する自然環境保全基礎調査や、さまざまな生態系のタイプごとに自然環境の量的・質的な変化を定点で長期的に調査する「モニタリングサイト1000」等を通じて、全国の自然環境の現状及び変化状況を把握しています。
自然環境保全基礎調査における植生調査では、詳細な現地調査に基づく植生データを収集整理した縮尺2万5,000分の1植生図を作成しており、我が国の生物多様性の状況を示す重要な基礎情報となっています。平成25年度までに、全国の約68％に当たる地域の植生図の作成を完了しました。また、砂浜・泥浜の面積等の変化状況についても調査を実施しています。
「モニタリングサイト1000」では、高山帯、森林・草原、里地里山、陸水域（湖沼及び湿原）、沿岸域（砂浜、磯、干潟、アマモ場、藻場及びサンゴ礁）、小島しょの各生態系について、生態系タイプごとに定めた調査項目及び調査方法により、合計約1,000か所の調査サイトにおいて、モニタリング調査を実施しています。事業開始から10年が経過した平成25年度は、これまでの調査結果が愛知目標の進捗状況評価や各種保全施策に効果的に活用されることを目的として、生態系毎に5年に1度の取りまとめ作業を開始しました。
また、インターネットを使って、全国の生物多様性データを収集共有化し、提供するシステム「いきものログ」の運用を開始しました。「いきものログ」により、全国の質の高い多くの生物多様性データを収集、提供しました。
2012年（平成24年）4月、生物多様性に関する科学及び政策の連携の強化を目的として設立された「生物多様性及び生態系サービスに関する政府間科学政策プラットフォーム（IPBES）」について、2013年（平成25年）12月にトルコ・アンタルヤで開催された第2回総会において、2014年（平成26年）から5か年の作業計画並びに2014年（平成26年）及び2015年（平成27年）予算が承認されたほか、初代事務局長も発表されました。我が国はIPBESの本格稼働に向けた国際的な議論に積極的に参画するとともに、先住民及び地域住民の知識体系の貢献に関する専門家ワークショップを6月に東京で開催し、また8月に南アフリカ・ケープタウンで開催された概念的枠組みの専門家ワークショップなどに対して支援を行いました。
地球規模での生物多様性保全に必要な科学的基盤の強化のため、アジア太平洋地域の生物多様性観測・モニタリングデータの収集・統合化などを推進する「アジア太平洋生物多様性観測ネットワーク（AP-BON）」のワークショップ（11月、フィリピン）を開催しました。また、東・東南アジア地域での生物多様性の保全と持続可能な利用のための生物多様性情報整備と分類学能力の向上を目的とする「東・東南アジア生物多様性情報イニシアティブ（ESABII）」を推進するために分類学能力構築の研修（2月、マレーシア、インドネシア）等を実施しました。
独立行政法人国立科学博物館において、「日本海周辺域の地球表層と生物相構造の解析」、「生物多様性ホットスポットの特定と形成に関する研究」などの調査研究を推進するとともに、約414万点の登録標本を保管し、これらの情報をインターネットで広く公開しました。また、地球規模生物多様性情報機構（GBIF）の活動を支援するとともに、GBIF日本ノード（データ提供拠点）である国立科学博物館及び国立遺伝学研究所と連携しながら、生物多様性情報を同機構に提供しました。
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