すぐれた自然環境を有する地域を核として、これらを有機的につなぐことにより、生物の生息・生育空間のつながりや適切な配置を確保する生態系ネットワーク（エコロジカル・ネットワーク）を形成するため、平成20年度に全国レベルのエコロジカル・ネットワーク構想の検討を開始し、21年度に「全国エコロジカル・ネットワーク構想」を取りまとめました。また、国有林野においては、保全すべき森林生態系の核となる「保護林」相互を連結する「緑の回廊」の設定を進めており、22年4月現在、24か所約588千haが設定され、生態系に配慮した施業やモニタリング調査等を実施しています。
自然環境保全法（昭和47年法律第85号）に基づく保護地域には、国が指定する原生自然環境保全地域と自然環境保全地域、都道府県が条例により指定する都道府県自然環境保全地域があります。これらの地域は、極力、自然環境をそのまま維持しようとする地域であり、わが国の生物多様性の保全にとって重要な役割を担っています。
平成22年3月現在、原生自然環境保全地域として5地域（5,631ha）、自然環境保全地域として10地域（21,593ha）を指定しています。これらについて生態系の現況把握や標識の整備等を通じて、適正な保全管理に努めました。また、都道府県自然環境保全地域として541地域（77,342ha）が指定されています。
ア 公園区域及び公園計画の見直し
自然公園法に基づいて指定される国立公園、国定公園及び都道府県立自然公園は、国土の14.3％を占めており（図5-4-1）、国立・国定公園にあっては、適正な保護及び利用の増進を図るため、公園を取り巻く社会条件等の変化に応じ、公園区域及び公園計画の見直しを行っています。
国立・国定公園について、自然環境や社会状況の変化及び風景評価の多様化に対応して、国立・国定公園の資質に関する総点検を行い、平成22年10月にその成果を取りまとめ、公表しました。その結果、新たな国立・国定公園の指定又は大規模な拡張を行う候補地として、鹿児島県の奄美群島や沖縄県のやんばる地域等を含む、18地域が選定されました。全国的に国立・国定公園の候補地を検討し、公表するのは昭和46年以来39年ぶりであり、科学的データに基づく分析は初めてのことです。候補地については、今後、利用のあり方、権利関係等を含め調査、調整等を行い、これらを踏まえて10年間を目途に具体的な区域の指定を検討します。
平成22年度は、知床国立公園、磐梯朝日国立公園、尾瀬国立公園、上信越高原国立公園、白山国立公園、蔵王国定公園、八ヶ岳中信高原国定公園及び愛知高原国定公園の8国立・国定公園において公園区域及び公園計画の見直しを実施しました。特に、上信越高原国立公園の須坂・高山地域は、昭和24年の指定以来、初めての全般的な見直しとなり、風衝地、亜高山帯針葉樹林等を含む1,765haについて、普通地域から特別地域へ変更し、保護の強化を図りました。また、平成21年の自然公園法の改正によって創設された生態系維持回復事業を知床、尾瀬及び白山国立公園に追加し、シカ及び外来植物による生態系被害に総合的かつ順応的な対策を実施できるようにしました。
イ 自然公園の管理の充実
生態系維持回復事業制度については、生態系維持回復事業計画を平成23年3月現在、知床国立公園、尾瀬国立公園、白山国立公園で関係省が共同して策定しました。計画に基づきシカによる自然植生等への食害対策や外来種防除対策を実施しました。生態系を適切に管理していくために、国立公園のうち重点的な対策を要する小笠原国立公園及び西表石垣国立公園において、外来種による生態系被害の調査モニタリング及び防除計画を策定し、外来種防除事業により外来種の密度を減少させて固有の生態系の維持・回復を図る取組を行いました。また、国立・国定公園内の植生や自然環境の復元等を目的とし、釧路湿原国立公園などにおいて、植生復元施設や自然再生施設等の整備を推進しました。
国立公園のうち自然保護上特に重要な地域を対象に、厳正な保護を図るため民有地の買い上げを行いました。また、アクティブ・レンジャーを全国に配置し、現場管理の充実に努めました。
地域との連携による公園管理については、自然公園法に基づく公園管理団体に、平成22年3月末現在、国立公園で5団体と国定公園で2団体が指定されています。
国立公園等の貴重な自然環境を有する地域において、自然や社会状況を熟知した地元住民等を雇用し、シマフクロウやライチョウ等の貴重な野生生物の保護対策、オオハンゴンソウやウチダザリガニ等の外来生物の駆除、景観対策としての展望地の再整備、登山道の補修等の作業を「国立公園等民間活用特定自然環境保全活動（グリーンワーカー）事業」により行いました。
ウ 自然公園における適正な利用の推進
自動車乗入れの増大により、植生への悪影響、快適・安全な公園利用の阻害等が生じているため、「国立公園内における自動車利用適正化要綱」に基づき、平成22年度には、大雪山国立公園の高原温泉や中部山岳国立公園の上高地等の18国立公園・29地区において、自家用車に代わるバス運行等の対策を地域関係機関との協力の下、実施しました。
国立公園等の山岳地域における環境浄化及び安全対策を図るため、山小屋事業者等がし尿・廃水処理施設等の整備を行う場合に、その経費の一部を補助しており、平成22年度は北アルプス等の山小屋のし尿処理施設の整備を実施しました。
鳥獣の保護及び狩猟の適正化に関する法律（平成14年法律第88号）に基づき、鳥獣の保護を図るため特に必要がある区域を国指定鳥獣保護区に指定しています。平成22年度は、祗苗島（ただなえじま）、大野原島、冠島・沓島（くつじま）、枇榔島（びろうじま）、与那国を新たに指定し、平成23年3月末現在、全国の国指定鳥獣保護区は77か所、569,245ha、同特別保護地区は67か所、146,552ha、同特別保護指定地域は2か所、1,159haとなっています（写真5-4-1）。
種の保存法に基づき、国内希少野生動植物種の生息・生育地として重要な地域を生息地等保護区に指定しており、平成23年3月末現在、全国の生息地等保護区は9か所、885ha、このうち管理地区は9か所、385haとなっています。
文化財保護法（昭和25年法律第214号）に基づき、日本の峡谷、海浜等の名勝地で観賞上価値の高いものを名勝（自然的なもの）に、動植物、地質鉱物等で学術上価値の高いものを天然記念物に指定しており、平成23年3月現在、名勝（自然的なもの）は152件（うち特別名勝12件）、天然記念物は985件（うち特別天然記念物75件）を指定しています。さらに、天然記念物の衰退に対処するため関係地方公共団体と連携して、特別天然記念物コウノトリの野生復帰事業など25件について再生事業を実施しました。
国有林野においては、原生的な森林生態系や貴重な野生動植物の生息・生育地等について、「保護林」の設定等を推進しました。平成22年4月現在で843か所、約78万haの「保護林」が設定され、モニタリング調査等による適切な保全・管理を推進しました。
景観の保全に関しては、自然公園法によってすぐれた自然の風景地を保護しているほか、景観法（平成16年法律第110号）に基づき、平成23年3月現在、270団体で景観計画が定められています。また、文化財保護法により、21年3月現在、人と自然との関わりの中でつくり出されてきた重要文化的景観を19地域選定しています。
自然再生推進法（平成14年法律第148号）に基づく自然再生協議会は、平成23年3月末現在、全国で22か所となっています（図5-4-2）。すべての協議会で自然再生全体構想が作成され、うち15か所で自然再生事業実施計画が作成されています。
平成22年度は、国立公園における直轄事業7地区、自然環境整備交付金で地方公共団体を支援する事業9地区の計16地区で自然再生事業を実施しました。これらの地区では、生態系調査や事業計画の作成、事業の実施、自然再生を通じた自然環境学習などを行いました。
農林水産業は自然の循環機能を利用するとともに、多くの生きものに対して貴重な生息・生育環境の提供、特有の生態系の形成・維持に貢献しており、持続可能な農林水産業の維持・発展のためにはその基盤である生物多様性の保全は不可欠です。
このため、「農林水産省生物多様性戦略」（平成19年7月）に基づき、[1]田園地域・里地里山の保全（環境保全型農業の推進、生物多様性に配慮した生産基盤整備の推進等）、[2]森林の保全（適切な間伐等）、[3]里海・海洋の保全（藻場・干潟の造成、維持・管理等）など生物多様性保全をより重視した農林水産施策を推進しました。
これらの関連施策を効果的に推進するため、農林水産業と生物多様性の関係を定量的に測る指標の開発を進めました。
農林水産省生物多様性戦略検討会の提言（平成20年7月）を受け、地域の生きものを通して生物多様性保全の取組を分かりやすく伝える「生きものマーク」を活用し、生物多様性保全に貢献する農林水産業への理解の促進を図りました。
里地里山は、集落を取り巻く二次林と人工林、農地、ため池、草原などを構成要素としており、人為による適度なかく乱によって特有の環境が形成・維持され、固有種を含む多くの野生生物を育む地域となっています。希少種が集中して分布している地域の半数近く以上が里地里山に含まれています。
平成22年9月、多様な主体による保全活用を国民的運動として展開することを目的として、「里地里山保全活用行動計画」を策定しました。また、都市住民等のボランティア活動への参加を促進するため、ホームページ等により活動場所や専門家の紹介等を行うとともに、研修会等を開催し里地里山の保全・活用に向けた活動の継続・促進のための助言等の支援を実施しました。
特別緑地保全地区等に含まれる里地里山については、土地所有者と地方公共団体等との管理協定の締結による持続的な管理や市民への公開などの取組を推進しました。
棚田や里山といった地域における人々と自然との関わりの中で形成されてきた文化的景観の保存活用のために行う調査、保存計画策定、整備、普及・啓発事業を補助する文化的景観保護推進事業を実施しました。
上下流連携いきいき流域プロジェクトにより、里山林等における森林保全活動や多様な利用活動への支援を実施しました。
農業農村整備事業においては、環境との調和への配慮の基本方針に基づき事業を実施するとともに、生態系の保全に配慮しながら生活環境の整備等を総合的に行う事業等に助成し、農業の有する多面的機能の発揮や魅力ある田園空間の形成を促進しました。農村地域の生物や生息環境の情報の調査・地理情報化を行い、生物の生息・生育地と水路等の農業用施設との生態系ネットワーク化を図る技術の開発を進めました。また、地域の生態系を代表する種を「保全対象種」として示し、農家や地域住民の理解を得ながら生物多様性保全の視点を取り入れた基盤整備事業を推進しました。
また、景観保全、自然再生活動の推進・定着を図るため、地域密着で活動を行っているNPO等に対し支援を実施するとともに、農業生産活動と調和した自然環境の保全・再生活動の普及・啓発のため、「田園自然再生活動コンクール」を実施し、活動上の新たな課題に対する技術的支援を行いました。
棚田における農業生産活動により生ずる国土の保全、水源のかん養等の多面的機能を持続的に発揮していくため、棚田等の保全・利活用活動を推進したほか、農村の景観や環境を良好に整備・管理していくために、地域住民、地元企業、地方公共団体等が一体となって身近な環境を見直し、自ら改善していく地域の環境改善活動（グラウンドワーク）の推進を図るための事業を行いました。また、地域の創意と工夫をより生かした「農山漁村活性化プロジェクト支援交付金」により、自然再生の視点に基づく環境創造型の整備を推進しました。
持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律（平成11年法律第110号）に基づき、土づくりと化学肥料・化学合成農薬の使用低減に一体的に取り組む農業者（エコファーマー）の育成等を推進するとともに、有機農業の推進に関する法律（平成18年法律第112号）に基づく有機農業の推進に関する基本的な方針に即し、産地の販売企画力、生産技術力強化、販路拡大、栽培技術の体系化の取組を支援しました。
森林のもつ多面的機能を持続的に発揮させるため、多様な森林づくりを推進しました。また、森林の保全を図るため、特に公益的機能の発揮が必要な森林を保安林に指定し、伐採・転用等の規制を行うとともに、豪雨や地震等による山地災害の防止を図るため、周辺の生態系に配慮しつつ荒廃地等の復旧整備や機能の低い森林の整備等を行う治山事業を計画的に実施したほか、松くい虫等の病害虫や野生鳥獣による森林の被害対策の総合的な実施、林野火災予防対策や森林保全推進員による森林パトロールの実施、啓発活動等を推進しました。
森林を社会全体で支えるという国民意識の醸成を図るため、企業、森林ボランティア等広範な主体による森林づくり活動、全国植樹祭等国土緑化行事及び「みどりの日」・「みどりの月間」を中心に行う緑化運動、巨樹・巨木林や里山林等身近な森林・樹木の適切な保全・管理のための技術開発及び普及啓発活動を支援するとともに、森林でのさまざまな体験活動を通じて、森林のもつ多面的機能等に対する国民の理解を促進する森林環境教育や、市民やボランティア団体等による里山林の保全・利用活動など、森林の多様な利用及びこれらに対応した整備を推進しました。
森林の状態とその変化の動向を継続的に把握するための森林資源モニタリング調査を実施するとともに、これまでのデータを活用して動態変化を解析する手法の検討を行いました。
COP10の日本開催等を契機として、生物多様性国家戦略2010や平成21年7月に取りまとめられた「森林における生物多様性の保全及び持続可能な利用の推進方策」に基づき、森林生態系の調査のほか、森林の保護・管理技術の開発など、森林における生物多様性の保全及び持続可能な利用に向けた施策を推進するとともに、わが国における森林の生物多様性保全に係わる取組を国内外に発信しました。
国有林野については、公益的機能の維持増進を旨とする管理経営の方針の下で、林木だけでなく下層植生や動物相、表土の保全等森林生態系全般に着目した多様な森林施業を推進しました。また、野生鳥獣との共存に向けた個体数管理等の総合的な対策を実施しました。
緑豊かで良好な都市環境の形成を図るため、都市緑地法（昭和48年法律第72号）に基づく特別緑地保全地区の指定を推進するとともに、地方公共団体等による土地の買入れ等を推進しました。また、首都圏近郊緑地保全法（昭和41年法律第101号）及び近畿圏の保全区域の整備に関する法律（昭和42年法律第103号）に基づき指定された近郊緑地保全区域において、地方公共団体等による土地の買入れ等を推進しました。都市緑化に関しては、緑が不足している市街地等において、緑化地域制度や緑化施設整備計画認定制度等の活用により建築物の敷地内の空地や屋上等の民有地における緑化を推進するとともに、市民緑地の指定や緑地協定の締結を推進しました。さらに、風致に富むまちづくり推進の観点から、風致地区の指定を推進しました。
緑化推進連絡会議を中心に、国土の緑化に関し、全国的な幅広い緑化推進運動の展開を図りました。また、都市緑化の推進として、「春季における都市緑化推進運動」期間（4～6月）、「都市緑化月間」（10月）を中心に、普及啓発活動を実施しました。
都市における多様な生物の生息・生育地となるせせらぎ水路の整備や下水処理水の再利用等による水辺の保全・再生・創出を図りました。
都市における緑とオープンスペースを確保し、水と緑が豊かで美しい都市生活空間等の形成を実現するため、都市公園の整備、緑地の保全、民有緑地の公開に必要な施設整備を支援する「都市公園等事業」を実施しました。
旧皇室苑地として広く一般に利用され親しまれている国民公園（皇居外苑、京都御苑、新宿御苑）及び千鳥ケ淵戦没者墓苑では、その環境を維持するため、施設の改修、園内の清掃、芝生・樹木の手入れ等を行いました。
河川やダム湖等における生物の生息・生育状況の調査を行う「河川水辺の国勢調査」を実施し、結果を河川環境データベース（http://www3.river.go.jp/）として公表しています。また、世界最大規模の実験河川を有する自然共生研究センターにおいて、河川や湖沼の自然環境保全・復元のための研究を進めました。加えて、生態学的な観点より河川を理解し、川のあるべき姿を探るために、河川生態学術研究を進めました。
地域住民やNPO、関係機関等と連携を図りながら、河川や乾燥化傾向にある湿地や干潟などの再生を進めることにより、生物の良好な生息・生育環境を復元しています。また、平成18年10月に策定した「多自然川づくり基本方針」及び20年3月に策定した「中小河川に関する河道計画の技術基準」に基づき、より一層、河川環境の保全と創出に向けた取組を推進しました。さらに、災害復旧事業においても、「美しい山河を守る災害復旧基本方針」に基づき、河川環境の保全・復元の目的を徹底しました。
湿原等の湿地は、多様な動植物の生息・生育地等として重要な場です。しかし、これらの湿原などは全国的に減少・劣化の傾向にあるため、その保全の強化と、すでに失われてしまった湿地の再生・修復の手だてを講じることが必要です。
特に水鳥の生息地として国際的に重要な湿地の保全に関する条約（以下「ラムサール条約」という。）に関しては、国内に37か所のラムサール条約湿地を指定しています。また、湿原、河川、湖沼、干潟、藻場、マングローブ林、サンゴ礁など、国内の500か所の湿地を「重要湿地500」として選定しています。これらの湿地とその周辺における保全上の配慮の必要性について普及啓発を進めました。
過去の開発等により失われた河川などの良好な自然環境の保全・再生を図るため、20年は、釧路川等37水系において湿地等の整備に取り組みました。
生物多様性を保全しながら土砂災害から住民の安全・財産を守る砂防事業を進めるため、六甲地区等、都市周縁に広がる山麓斜面において、グリーンベルトとして一連の樹林帯を整備しました。また、生物の良好な生息・生育環境を有する渓流や里山等を保全・再生するため、NPO等と連携した山腹工などを実施しました。
海洋基本法（平成19年法律第33号）に基づく海洋基本計画の策定を受けて、海洋生物多様性保全戦略を策定し、わが国における海洋保護区の考え方等を提示しました。
ウミガメの産卵地となる海浜については、自然公園法に基づく乗入れ規制地区に指定されている地区においてオフロード車等の進入を禁止するなどにより保護を図りました。
有明海・八代海における海域環境調査、東京湾における水質等のモニタリング、海洋短波レーダーを活用した生物調査、水産資源に関する調査や海域環境情報システムの運用等を行いました。
サンゴ礁保全の総合的な取組を推進するためのサンゴ礁生態系保全行動計画を策定しました。
水産資源の保護・管理については、漁業法（昭和24年法律第267号）及び水産資源保護法（昭和26年法律第313号）に基づく採捕制限等の規制や、海洋生物資源の保存及び管理に関する法律（平成8年法律第77号）に基づく海洋生物資源の採捕量の管理及び漁獲努力量に着目した管理を行ったほか、[1]保護水面の管理等、[2]「資源回復計画」の作成・実施、[3]外来魚の駆除、環境・生態系と調和した増殖・管理手法の開発、魚道や産卵場の造成等、[4]ミンククジラ等の生態、資源量、回遊等調査、[5]ウミガメ（ヒメウミガメ、オサガメ）、鯨類（シロナガスクジラ、ホッキョククジラ、スナメリ、コククジラ）及びジュゴンの原則採捕禁止等、[6]減少の著しい水生生物に関するデータブックの掲載種に係る現地調査及び保護手法の検討、[7]サメ類の保存・管理及び海鳥の偶発的捕獲の対策に関する行動計画の実施促進、[8]混獲防止技術の開発等を実施しました。
海岸保全施設の整備においては、海岸法の目的である防護・環境・利用の調和に配慮した整備を実施しました。
港の良好な自然環境の市民による利活用を促進し、自然環境の大切さを学ぶ機会の充実を図るため、自治体やNPOなどが行う自然体験・環境教育活動等の場ともなる藻場・干潟等の整備を行いました。また、海辺の自然環境を活かした自然体験・環境教育を行う「海辺の自然学校」等の取組を推進しました。
漁港・漁場では、水産資源の持続的な利用と豊かな自然環境の創造を図るため、漁港区域内の汚泥・ヘドロの除去等の整備を行う水域環境保全対策を2地区で実施したほか、水産動植物の生息・繁殖に配慮した構造を有する護岸等の整備を総合的に行う「自然調和・活用型漁港漁場づくり推進事業」を全国11地区で実施しました。また、藻場・干潟の保全等を推進するとともに、漁場環境を保全するための森林整備に46都道府県で取り組みました。さらに、木材利用率が高い増殖礁の開発や漁場機能を強化する技術の開発・実証に全国14地区で取り組みました。加えて、サンゴの有性生殖による種苗生産を中心としたサンゴ増殖技術の開発に取り組みました。
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