森林の多面的機能を持続的に発揮させるため、重視すべき機能に応じた森林の区分である「水土保全林」、「森林と人との共生林」、「資源の循環利用林」ごとに多様な森林づくりを推進するとともに、自然環境の保全など森林の公益的機能の発揮及び森林の保全を確保するため、保安林制度・林地開発許可制度等の適正な運用を図ります。また、森林での様々な体験活動を通じて森林の持つ多面的機能等に対する国民の理解を促進する森林環境教育や、市民やボランティア団体等による里山林の保全・利用活動など、森林の多様な利用及びこれらに対応した整備を推進します。

治山事業においては、豊かな環境づくりに配慮し、荒廃山地の復旧整備、機能の低い森林の整備等を計画的に推進するとともに、事業の実施に当たっては周辺の生態系に配慮します。また、特に自然環境のすぐれた地域等において、自然環境の保全・改善効果の高い工法等の開発普及等を図る森林土木効率化等技術開発モデル事業を実施します。さらに、森林病害虫等防除法等に基づき、松くい虫等の森林病害虫やシカなどの野生鳥獣による被害防止・防除対策を環境の保全に配慮しつつ総合的に実施します。保全管理水準の維持・向上を図るべき森林については、森林保全推進員等による森林パトロール等の保全管理活動、防火林道等の整備及び「全国山火事予防運動」等の啓発活動を推進します。

国民参加の森林づくりについては、森林ボランティア活動等広範な取組を推進します。

国有林野においては、下層植生や動物層、表土の保全等森林生態系全般に着目し、育成複層林・天然生林施業の推進、広葉樹林の積極的な造成等を図るなど、自然環境の維持・形成に配慮した多様な森林施業を推進します。また、優れた自然環境を有する森林の保全・管理や国有林野を活用して民間団体等が行う自然再生活動を積極的に推進します。

土地改良事業をはじめとする農業農村整備事業においては、環境との調和への配慮の基本方針に基づき事業を実施します。また、生態系の保全に配慮しながら生活環境の整備等を総合的に行う事業等に助成し、農業の有する多面的機能の発揮や魅力ある田園空間の形成を促進します。また、農村地域の生物やその生息環境の情報を調査・地理情報化し、農村地域の多様な生物の生息環境を総合的に向上させる技術を構築する等、生物多様性を確保するための手法の開発を進めます。さらに、農林水産省と環境省が連携・協力して、水田周辺水域（農業用水路等）の生態系の現状把握を行うため「田んぼの生きもの調査」を引き続き実施します。農村地域の自然再生活動については、「田園自然再生活動コンクール」のほか、活動上の新たな課題に対する技術的支援を実施します。棚田における農業生産活動により生ずる国土の保全、水源のかん養等の多面的機能を持続的に発揮していくため、棚田等の保全・利活用活動を推進するほか、農村景観や環境を良好に整備・管理していくために、地域住民、地元企業、地方公共団体等が一体となって身近な環境を見直し、自ら改善していく地域の環境改善活動（グラウンドワーク）の推進を図るための事業を行います。

田園自然再生関連対策として、地域住民や民間団体等による保全活動と連携した生態系保全型の農地、土地改良施設の整備等を進めるとともに、景観保全、自然再生活動の推進・定着を図るため、地域密着で活動を行っているNPO等に対し支援を実施します。また、農業用排水の水質保全と農業集落の生活環境の改善を図るため、農業集落排水施設の整備を推進するとともに、地域の実情に応じ、特定環境保全公共下水道等の整備を進めます。

地域における農地・農業用水等の資源や環境の良好な保全と質的向上を図るため、地域の共同活動と先進的な営農活動を一体的かつ総合的に支援します。

家畜排せつ物については、家畜排せつ物法に基づき適正な処理や保管の確保を図るとともに、環境負荷の低減並びに有機性資源の循環利用の促進を図るため、より高い環境保全効果を有する家畜排せつ物処理施設の整備に関する事業を推進するとともに、金融・税制上の特例措置等を引き続き講じます。また、未利用資源の利用の促進を図るため、飼料化施設等の整備の推進を図ります。また、都市部の農地においては、都市住民への農産物の供給や都市住民の交流の場としての活用を図るため、簡易な基盤整備や市民農園の整備等を推進します。

都市における緑とオープンスペースを確保し、水と緑が豊かで美しい都市生活空間等の形成を実現するため、「都市公園整備事業」の推進を図ります。国営公園については、全国17か所において整備を推進します。都市の景観形成・環境改善及び防災機能向上のため、緑化の必要性が特に高い地区において多様な公園緑地の整備や公共公益施設の緑化等を行う「緑化重点地区総合整備事業」、埋立造成地等において自然的環境の再生や多様な生物の生息生育基盤の確保など環境の向上に資する良好な緑地の整備を行う「自然再生緑地整備事業」等、各種施策に応じた都市公園等の整備を推進します。また、緑の基本計画や景観計画に基づき、水と緑のネットワーク形成を推進するため、都市公園の整備、緑地の保全、民有緑地の公開に必要な施設整備を総合的に支援する「緑地環境整備総合支援事業」を実施します。また、土砂災害に対する安全性を高め緑豊かな都市環境と景観を創出するため、市街地に隣接する山麓斜面にグリーンベルトとして樹林帯を形成し、無秩序な市街化の防止や都市周辺に広がる緑のビオトープ空間の創出に寄与します。

都市における緑地を保全するため、都市緑地法に基づく特別緑地保全地区等の指定を推進するとともに、地方公共団体及び緑地管理機構による土地の買入れ等を推進します。

また、首都圏近郊緑地保全法及び近畿圏の保全区域の整備に関する法律に基づき指定された近郊緑地保全区域内において、近郊緑地特別保全地区の指定を推進するとともに、地方公共団体及び緑地管理機構による土地の買入れ等を推進します。

さらに、緑が不足している市街地等においては、緑化地域制度や緑化施設整備計画認定制度等の活用により建築物の敷地内の空地や屋上等の民有地における緑化を推進します。

また、緑豊かな生活環境の形成を図る観点から、地域の人々が利用できる緑地を確保し、住民による緑化活動を支援するため、市民緑地の指定や緑地協定の締結を推進します。

皇居外苑、新宿御苑、京都御苑及び千鳥ケ淵戦没者墓苑を広く国民の利用に供するため、引き続き施設の改修、園内の清掃、芝生・樹木の手入れ等を行います。

CO₂の吸収により地球温暖化を防止する等、環境負荷を低減し、良好な景観を形成するため、引き続き道路緑化を推進します。また、地域の個性をいかした親しみの持てる美しい街並みを形成するため、モデル地区において、引き続き地域住民と道路管理者が協力しながら緑陰道路を管理する取組を行います。

緑化推進連絡会議を中心に、国土の緑化に関し、全国的な幅広い緑化推進運動の展開を図ります。都市緑化の推進に当たっては、「春季における都市緑化推進運動」期間（4～6月）、「都市緑化月間」（10月）を中心に、その普及啓発に係る各種活動を実施するほか、緑の相談所（都市緑化植物園）、都市緑化基金の拡充強化等、運動の一層の展開と定着化を図ります。

河川やダム湖等における生物の生息・生育状況の調査を行う「河川水辺の国勢調査」を実施します。また、自然環境に配慮した河川管理の取組として、自然共生研究センター等において、河川湖沼の自然環境保全・復元のための研究を実施します。

河川環境管理基本計画の策定を推進し、自然環境の保全に配慮するとともに、地域住民と連携しながら渡り鳥等の生物の良好な生息・生育環境を有する自然河川や湿地・干潟などの再生を進めていきます。良好な潤いのある水辺空間の保全及び形成等を図る「水系環境整備事業」等を実施します。河川整備に当たっては、必要とされる治水上の安全性を確保しつつ、地域の暮らしや歴史・文化との調和にも配慮し、生物の良好な生息・生育・繁殖環境及び多様な河川景観を保全創出する「多自然川づくり」、河川横断施設とその周辺の改良、魚道の設置等により魚類の遡上環境の改善を行う「魚がのぼりやすい川づくり」を実施します。また、災害復旧事業においても、「美しい山河を守る災害復旧基本方針」に基づき、河川環境の保全・復元の目的を明確にして、事業を実施します。

都市再生本部において、第三次決定プロジェクトに位置付けられた「水循環系の再生」については、河川の再生（河岸の再自然化、河畔林の整備、水質の改善等）、市街地の雨水貯留・浸透機能の回復等、各領域の施策を総合的に推進します。

また、水系を全体的に捉え、河川とダムの連携を図りつつ河川環境の保全を目的とする「水系環境整備事業」を実施し、ダム貯水池においても湖岸の整備や緑化対策等によってダム湖の活用や親水性の向上を図ります。

土砂災害の防止の実施に当たり、生物の良好な生息・生育環境を有する渓流・里山の環境等を保全・再生するため、NPO等と連携した山腹工などにより、里地里山などの多様な自然共生型の砂防事業を推進します。また、土砂災害の防止と併せて、すぐれた自然環境や社会的環境を持つ地域等の渓流において、自然環境との調和を図った緑と水辺の空間等の生活環境の整備、景観・親水性の向上や生態系の回復等を図った良好な渓流環境の再生、歴史的価値を有する砂防設備の活用を踏まえた周辺環境整備など、個々の渓流の特色をいかした砂防事業を展開します。さらに、「砂防関係事業における景観形成ガイドライン」に基づき、良好な景観形成に取り組みます。

がけ崩れ対策においては、貴重な緑の空間である斜面環境・景観を保全しつつ安全度を向上するため、既存樹木を活用した緑の斜面工法による斜面整備崩壊土砂を捕捉する緩衝樹林帯整備を推進します。

ダム堆砂の進行、河床低下、みお筋の固定化に伴う河原の樹林化、海岸侵食等の土砂管理上の問題点が顕在化している流砂系においては、砂防、ダム、河川、海岸等に係る各領域が連携を図り、適正な量・質の土砂を下流領域に供給し、生態系、景観等の環境面の保全・再生を含めた総合的な土砂管理を推進します。具体的には、透過型砂防えん堤の設置、ダムにおけるサンドバイパス、河道掘削による河道断面積の確保と掘削土砂を用いた養浜、海岸におけるサンドリサイクル等を実施するとともに、土砂管理技術の検討・開発を推進します。

海水交換機能を有する防波堤、水産動植物の生息・繁殖が可能な防波堤等の整備及び砂浜の再生に資する漁港の整備など、自然調和・活用型の漁港漁場づくりを積極的に展開します。また、干潟の生産力を改善する技術やサンゴを増殖する技術を開発し、ガイドラインに取りまとめ普及します。

港湾においては、港湾の開発・利用と環境の保全・再生・創出を車の両輪として捉えた「港湾行政のグリーン化」を図ります。汚泥その他公害の原因となる物質の除去、覆砂による水質・底質の改善に取り組みます。また、港湾整備により発生するしゅんせつ土砂等を活用して、多様な生物の生息地である干潟・海浜・藻場等の保全・再生・創出を計画的に行います。これらの実施に当たっては、自然環境の不確実性等を考慮し、事業着手後においても状況を継続的にモニタリングして、その結果を計画等に反映させる順応的管理手法の導入を図ります。加えて、東京港中央防波堤内側、大阪湾堺臨海部、同尼崎臨港部における大規模緑地の創出を推進します。そのほか、ゴミの投棄、油の流出などの水環境や景観に悪影響を及ぼす放置艇の解消を図るため、船舶等の放置等禁止区域の指定により規制措置の強化に取り組むとともに、既存の静穏水域等を活用した簡易な係留・保管施設（ボートパーク）等の整備を推進します。また、海辺の自然環境をいかして自然体験・環境教育を行う「海辺の自然学校」「海辺の達人養成講座」等の取組を推進します。

砂浜の保全・復元により生物の生育・生息地を確保しつつ、景観上もすぐれた人と海の自然のふれあいの場を整備する「海岸環境整備事業」を実施します。

洪水や台風による、又は外国からの漂流等による大規模な漂着ゴミは、海岸保全施設の機能阻害の原因となることから、「災害関連緊急大規模漂着流木等処理対策事業」で処理できる対象を大規模な流木等に限らず漂着ゴミにも拡充します。