種の保存法に基づき、希少野生動植物種の指定、個体の捕獲・譲渡し等の規制、器官・加工品の譲渡し等の規制を引き続き実施していくとともに、国内希少野生動植物種については、生息地等保護区の指定を推進し、生息・生育環境の保護管理を行います。また、保護増殖事業については、種の保存法に基づく保護増殖事業計画に従い、ツシマヤマネコ、アホウドリ、タンチョウ、ミヤコタナゴ等の生息環境の改善・整備や繁殖の促進のための事業を推進するとともに、国内希少野生動植物種に指定された種で保護増殖事業を行おうとするものについて、順次新たに保護増殖事業計画を策定します。さらに、野生生物保護センターにおいて絶滅のおそれのある野生生物の保護増殖事業等を推進します。この中で佐渡島においては、トキの野生復帰に向けて、順化施設の整備を進めるとともに、環境省、農林水産省、国土交通省の連携調査結果を踏まえ、餌資源の確保や営巣木、ねぐら木になる松林の保全を進めます。豊岡においては、引き続き、コウノトリの試験放鳥を継続するとともに生息環境の整備を実施していきます。

国有林野のうち、自然環境の維持、動植物の保護、遺伝資源の保存等を図る上で重要な役割を果たしている森林については「森林と人との共生林」に区分し、自然環境の保全を第一とした管理経営を行うとともに、特に原生的な天然林や貴重な動植物の生息・生育地等特別な保全・管理が必要な森林については、保護林として積極的に指定するなどその拡充を図ります。

鳥獣保護事業計画に基づき、鳥獣保護区の指定、被害防止のための捕獲及びその体制の整備、違法捕獲の防止等の対策を総合的に推進します。当該計画の推進に当たっては、人と鳥獣との共存の確保及び生物多様性の保全を踏まえて鳥獣を適切に保護管理することを基本とします。国指定鳥獣保護区においては、保護管理方針を示すマスタープランを策定し、管理の充実に努めます。

渡り鳥の生息状況等に関する調査として、「鳥類観測ステーション」における鳥類標識調査、ガンカモ科鳥類の生息調査等を引き続き実施します。全国的・広域的な観点から保護管理の方向付けを行う必要性の高い鳥獣について、保護管理のための指針作りを推進します。

狩猟による事故防止、違法行為の防止の徹底等適正な狩猟を確保するための関係者への指導を行うとともに、狩猟鳥獣の種類の見直し、捕獲禁止又は狩猟制限の見直しに必要な調査・検討を進めます。

環境省、農林水産省、林野庁が連携し、鳥獣被害対策等を推進するため本省や地方ブロックごとにおける連絡会議等を引き続き実施します。また、特定鳥獣保護管理計画等による適切な鳥獣の保護管理を推進するとともに、農林水産業等に被害を与えている鳥獣や、地域的に孤立している個体群の広域的な保護管理のための指針を関係都道府県等とともに検討し、これと連携して、県域をまたがる広域地域を対象に地域参加型鳥獣害情報マップの作成と総合的防除技術体系の確立を推進する事業を実施します。さらに、適正な技術を有する鳥獣管理の中核的な担い手を育成し、将来にわたる鳥獣管理体制の構築を図るため「野生鳥獣管理技術者育成事業」を実施します。さらに、都道府県の特定鳥獣保護管理計画に基づく保護管理実施状況を引き続き調査・分析するほか、特定鳥獣保護管理計画の目的推進のため、モニタリング手法等に関する調査を実施します。

また、野生獣類を本来の生息域へ誘導する手法の開発等の試験研究、侵入防止柵等の被害防止施設の整備、追い払いや捕獲等を実施するための自衛体制の整備を推進し、鳥獣との共生にも配慮した多様で健全な森林の整備・保全等を図る事業等を実施します。さらに、トドの資源に悪影響を及ぼすことなく、被害を防ぐための対策として、被害を受ける漁具の強度強化等を引き続き促進します。

改正鳥獣保護法の円滑な施行に向けて、新たに導入する狩猟制度及び保護施策の施行に向けての準備作業や、関係者に対する普及啓発を行うとともに、地方公共団体及び関係団体に対して協力を求めていきます。

渡り鳥の保護対策としては、生息状況調査を引き続き実施するほか、出水平野に集中的に飛来するナベヅル、マナヅルについて、その生息環境を改善し、越冬地を分散するために遊休地の確保等の事業を引き続き実施します。また、渡り鳥の渡来地である湖沼の保全と環境学習等の活用のための拠点施設を国指定宮島沼鳥獣保護区において引き続き整備を進めます。

地域を指定しての鉛弾の使用禁止及び無毒の代替弾への切り替え等の措置を引き続き推進するとともに、指定猟法禁止区域について新たな指定を促進します。

高病原性鳥インフルエンザの発生を踏まえて、野生鳥獣の持つ病原体や渡り鳥等の移動経路等に関する知見を充実させます。

漁業法及び水産資源保護法に基づく採捕制限等の規制や、海洋生物資源の保存及び管理に関する法律に基づき、漁獲可能量や漁獲努力可能量の管理を行うほか、1)保護水面の指定、管理、調査等、2)「資源回復計画」の作成・実施、3)外来魚の駆除や漁場の生態系の復元、魚道や産卵場の造成等、4)シロナガスクジラ等の生態、資源量、回遊等の実態を把握し、資源回復手法の解明に資する調査、5)ウミガメ（ヒメウミガメ等）、鯨類（シロナガスクジラ等）及びジュゴンの原則採捕禁止等、6)減少の著しい水生生物に関するデータブックの掲載種について、現地調査及び保護手法の検討、7)サメ類の保存・管理及び海鳥の偶発的捕獲の対策に関する行動計画の実施促進等を行います。

特定外来生物による生態系等に係る被害の防止に関する法律に基づき、特定外来生物の指定作業や飼養規制等を継続し、また、外来生物による生態系等への影響が現に生じている地域における防除を進めます。また、外来生物に関する情報のデータベースの構築、効果的な防除手法の検討等を引き続き進めるとともに、外来生物問題についての普及啓発活動を広く推進します。

また、生物の多様性に悪影響を及ぼす可能性が懸念されている遺伝子組換え生物については、それを防止するために、遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律を的確に運用するとともに、承認された遺伝子組換え生物等に関する情報の提供などを進めます。

絶滅のおそれのある野生動植物について生息・生育状況を把握するため、国内希少野生動植物種の現状調査を実施します。また、平成14年度に着手した第２次レッドリスト見直しについては、18年度末の取りまとめを目標にして作業を進めます。

野生生物保護思想の普及啓発を図るため、愛鳥週間行事の一環として「全国野鳥保護のつどい」を東京都で実施するほか、小中学校及び高等学校等を対象とした「全国野生生物保護実績発表大会」等を開催します。