原因企業によるメチル水銀の排出がもたらした被害としては、個々人の健康被害、魚介類を含めた環境汚染、被害者への差別や住民間の軋轢による地域社会の疲弊等が挙げられます。

本節ではまず、個々人の健康被害に対する救済の経緯や理由、位置付けを説明します（図3-3-1）。

原因企業に損害賠償を求める裁判が新潟（昭和42年提訴、新潟水俣病第一次訴訟）と熊本（昭和44年提訴、熊本水俣病第一次訴訟）で起こされたこと等を受け、昭和44年12月には、「公害に係る健康被害の救済に関する特別措置法」（昭和44年法律第90号。以下「救済法」という。）が施行され、健康被害の救済に係る当面の緊急措置が講じられることとなりました。救済法は、水俣病にかかっている者を関係県知事及び市長が認定して、医療費等の支給を行うもので、水俣病患者の認定は、医学者からなる認定審査会の意見を聴いて行われました。

被害の補償に関しては、昭和46年の新潟水俣病第一次訴訟判決及び48年の熊本水俣病第一次訴訟判決で水俣病患者に対する昭和電工及びチッソの損害賠償が確定したことを受け、同年に原因企業と患者団体の間で補償協定が締結されました。補償協定では、水俣病患者に、慰謝料（一時金）、医療費、年金等が支払われること、協定締結以降認定された患者についても希望する者には適用すること等が定められており、現在までに水俣病と認定された者は、全員補償協定に基づく補償を選択しています。

救済法の認定は、「公害に係る健康被害の救済に関する特別措置法の認定について」（昭和46年８月環境庁事務次官通知）に基づき、補償協定締結後も一貫して、医学的知見に照らして、対象者が水俣病である可能性がそうでない可能性と同等以上（水俣病である可能性が50%以上）と判断される場合に認定するという考え方に基づいて行われました。このような判断は、感覚障害など水俣病にみられる症候が非特異的であり、それら一症候のみでは困難であるため、いくつかの主要症候の組合せによって行われてきました。救済法の認定制度やそこにおける医学的判断は、昭和49年９月に新たに施行された公健法によって引き継がれました。環境庁は、昭和52年７月に、従来から認定審査における医学的判断に用いられてきた症候の組合せ等を明確化した「後天性水俣病の判断条件について」（以下、「52年判断条件」という。）を環境保健部長通知として示しました。

さらに、急増した認定申請者に対応するため、昭和54年２月には「水俣病の認定業務の促進に関する臨時措置法」（昭和53年法律第104号）が施行され、平成８年９月までに希望した申請者については、国においても認定業務を行うこととなりました。

平成18年３月末までの認定者数は、2,955人（熊本県1,775人、鹿児島県490人、新潟県690人）で、このうち生存者は946人（熊本県502人、鹿児島県186人、新潟県258人）となっています。

なお、患者への補償金支払いに支障が生じないようにするため、昭和53年から、熊本県が県債を発行して調達した資金を、患者補償の資金としてチッソに貸し付けるという県債方式によるチッソ支援が行われてきました。同方式による県債の累計発行額は約2,260億円となっています。このチッソに対する支援措置については、平成12年２月の閣議了解「平成12年度以降におけるチッソ株式会社に対する支援措置について」（以下、「平成12年閣議了解」という。）により県債方式が廃止され、チッソが経常利益の中からまず患者補償金を支払い、その後可能な範囲内で県への貸付金返済を行いうるよう、国が一般会計からの補助金及び地方財政措置により所要額を手当てするという方式に抜本的に改められました。同方式により手当てされた額の累計は、平成17年度末までで、一般会計からの補助金約400億円、地方財政措置約100億円となっています。

公健法の認定を求める者の申請や再申請が相当数継続していたことや、損害賠償を求める訴訟が多数提起されていたことなど、水俣病が大きな社会問題になっていたことに伴い、平成３年11月の中央公害対策審議会答申「今後の水俣病対策のあり方について」において、水俣病発生地域ではさまざまな程度でメチル水銀のばく露があったと考えられること、水俣病患者を近くで見てきたこと等を背景として、地域住民には水俣病と認定されるまでには至らなくとも自らの症状を水俣病ではないかと疑うなどの健康上の問題が生じていることから行政施策が必要であることが示されました。

これを受け、水俣病にも見られる四肢末梢優位の感覚障害を有すると認められる者に療養手帳を交付し、医療費の自己負担分、療養手当等を支給する医療事業（受付期間　平成４年〜平成７年３月）及び地域住民の健康診査等を行う健康管理事業を内容とする水俣病総合対策事業が開始されました。

しかし、公健法の認定を棄却された者による訴訟の多発などの水俣病をめぐる紛争と混乱が続いていたため、事態の収拾を図り関係者の和解を進めるため、平成７年９月当時の与党三党（自由民主党、日本社会党、新党さきがけ）により、国や関係県の意見も踏まえ、最終的かつ全面的な解決に向けた解決策が取りまとめられました。同年12月までに、被害者団体と企業（チッソ及び昭和電工）はこの解決策を受入れ、当事者間で解決のための合意が成立しました。

この解決策の概要は、1)企業は、水俣病に見られる四肢末梢優位の感覚障害を有するなど一定の要件を満たす者に対して一時金を支払うこと、2)国及び県は遺憾の意など何らかの責任ある態度の表明を行い、1)の者に医療手帳を交付し、医療費、療養手当等を支給すること、3)救済を受ける者は訴訟等の紛争を終結させること、によって水俣病に関するさまざまな紛争について早期に最終的かつ全面的な解決を図ることでした。

上記1)で示された救済を受けられる者の範囲は、既に療養手帳の対象であった者及び新たに医療手帳の対象者と判断された者となりましたが、これは解決策において、水俣病の診断はあくまで蓋然性の程度により判断するものであり、公健法の認定申請の棄却がメチル水銀の影響が全くないと判断したことを意味するものではないことなどにかんがみれば、認定申請を棄却された人々が救済を求めるに至ることには無理からぬ理由があるとされたことに伴うものです。

なお、医療手帳の対象者とならなかった者であっても、一定の神経症状を有する者に対しては、国及び県は保健手帳を交付し上限を設けた医療費等を支給することになりました（以下、医療手帳と合わせて「総合対策医療事業」という。）。

また、関係当事者間の合意を踏まえ、平成７年12月に「水俣病対策について」が閣議了解され、国及び関係県はこれに基づき以下の施策を実施しました。

1)　総合対策医療事業の申請受付を平成８年１月に再開し、同年７月まで受付を行い、11,152人を医療手帳該当者、1,222人を保健手帳該当者としました。

2)　チッソが支払う一時金の資金を、熊本県が設立する基金から貸し付ける支援措置を講じました（熊本県の基金への出資金については、85％を国庫補助金、15%を県債発行により措置。国庫補助金分約270億円については、平成12年閣議了解においてチッソの返済を免除し、国への返還を不要とすることとなりました）。

閣議了解に基づく国及び関係県のこのような施策が実行に移されたことを受けて、11件の損害賠償請求訴訟のうち、関西訴訟を除いた10件については、平成８年５月に原告が訴えを取り下げました。

新潟水俣病第一次訴訟及び熊本水俣病第一次訴訟以降の損害賠償請求訴訟では、熊本水俣病第二次訴訟（昭和60年確定）及び平成７年の政治解決後唯一残った関西訴訟（平成16年確定）の判決が確定しています。これらの判決では、公健法では認定されていない人に対し、公健法の認定要件（52年判断条件）とは別個の判断に基づき、各々400万〜1,000万円の損害賠償が認められています。

関西訴訟最高裁判決が出された平成16年10月15日には、環境大臣が談話を発表し、「被害の拡大を防止できなかったことについて真摯に反省し、〈中略〉多年にわたり筆舌に尽くしがたい苦悩を強いられてこられた多くの方々に対し、誠に申し訳ないという気持ちで一杯であります。」と表明しました。

そして、水俣病の公式確認から50年という節目の年を迎えるに当たり、平成７年の政治解決や関西訴訟最高裁判決も踏まえ、医療対策等の一層の充実や水俣病発生地域の再生・融和の促進等を行い、すべての水俣病被害者が地域社会の中で安心して暮らしていけるようにするため、17年４月７日に下記のような行政施策を行うことを示した「今後の水俣病対策について」を発表しました。

ア　総合対策医療事業の拡充・再開

関係県と協力して環境保健行政の推進という観点から実施してきた総合対策医療事業について、高齢化の進展やこれまでに事業を実施する中で明らかになってきた課題等を踏まえ、拡充を図りました。特に保健手帳については、医療費の自己負担分を全額給付することとし、給付内容を拡充した保健手帳の交付申請の受付を平成17年10月13日に再開しました。

総合対策医療事業の対象者（生存者）は、平成18年３月末現在で医療手帳8,200人（熊本県5,971人、鹿児島県1,832人、新潟県397人）、保健手帳2,596人（熊本県1,983人、鹿児島県548人、新潟県65人）です。このうち、保健手帳を新規に申請し交付された者は18年３月末現在で、1,987人（熊本県1,529人、鹿児島県411人、新潟県47人））です。

イ　新たな地域的な取組

水俣病被害者やその家族の高齢化に対応するための保健福祉施策の充実や、胎児性患者をはじめとする水俣病被害者に対する社会活動支援等の新たな地域的な取組を平成18年度から実施します。

平成16年の最高裁判決後、18年３月末現在で3,765人（保健手帳の交付による取下げ等を除く。）が公健法の認定申請を行い、876人（その大部分は公健法の認定申請者）は、チッソ、国及び熊本県を被告とした国家賠償等請求訴訟を起こし、1,987人に新たに保健手帳が交付されています。このような現状は、水俣病被害者の高齢化に伴う医療等の必要性の高まりを反映しているのみならず、水俣病問題の深さと広がりを示していると考えられます。すべての水俣病被害者が地域社会の中で安心して暮らしていけるようにするためには、医療対策等の充実とともに地域福祉と連携した取組が必要です（図3-3-2、図3-3-3）。