みどころ紹介
父島
三日月山
［三日月山展望台］
父島北部の大村集落の北西にある園地。展望台（通称ウエザーステーション）からは兄島をはじめ、付近の島々や野羊山・二見港などが一望でき、絶好の夕日観察スポットでもある。運が良ければ冬期には展望台からザトウクジラの姿を見ることも出来る。
宮之浜
［宮之浜サンゴ］
父島北部に位置するビーチ。目の前に兄島が見え、ロケーションが良い。海中にはサンゴ礁が発達し、魚の種類も多いことからシュノーケリング向き。ただし沖に出ると潮流が速く危険なので、ブイより外側には行かないこと。
南島
父島南西部に位置する南北１kmほどの細長い島。石灰岩の白と海の青がすばらしいコントラストを醸し出す。南島周辺は沈水カルストとなっており、ドリーネやラピエ等の特徴的な地形のほか、絶滅したヒロベソカタマイマイの半化石を観察することができる（採取は厳禁）。また、カツオドリをはじめオナガミズナギドリやアナドリなど、島全体が海鳥類の繁殖地となっている。中央には汽水の陰陽池があり、渡り鳥の休息の場となっている。入島にあたっては、東京都自然ガイドの同行が必要である。
［南島カタマイマイ化石］
［南島扇池］
千尋岩（ハートロック）
［ハートロック］
父島南部に連なる海食崖の一角に存在する高さ約200ｍの巨大なハート。上部のラテライト土壌が雨で流れ、岩を染色したと考えられている。トレッキングツアーの目的地となっており、一面に広がる海原からは冬期にザトウクジラが観察できる。眼下の海中ではイルカ類やオニイトマキエイ（マンタ）が見られる。
母島
乳房山
［乳房山・ハハジマノボタン］
母島中央部に位置する標高462ｍの山。小笠原群島の最高峰。上部は雲霧帯となっており、ハハジマノボタンやワダンノキなどの固有植物が数多く生育している。沖村から登山道が整備されており、ほど良いトレッキングコースとなっている。
石門
［石門・ラピエ植生］
母島北部に位置する標高300ｍほどの台地。石灰岩が隆起したもので、ラピエ上に樹木が生育する独特の景観を持つ。母島を代表する原生植生である湿性高木林が広範囲に生育しており、非常に貴重な地域。入山にあたっては、東京都自然ガイドの同行が必要である。
南崎
［小富士から見た南崎］
母島の南東部にある半島。比較的なだらかな丘陵で、母島では珍しい「乾性低木林」の林内は、メグロ、メジロをはじめとする多くの野鳥のさえずりが聞こえる。南崎は有人島に残された唯一の海鳥繁殖地であり、現在はその保全のためノネコ・グリーンアノール防除柵が設置されている。
南端の小富士まで比較的平坦な歩道が延びており、小富士からは周辺の島々（姉島・妹島・鰹鳥島など）と海峡の素晴らしい眺望が広がっている。