自然保護の取組
グリーンワーカー事業
動植物の保護、環境美化、公園施設の維持管理、景観保全、調査等の業務を、地域の自然や社会状況を熟知した方を雇用して行うことにより、管理レベルのグレードアップを図る事業です。
自然再生
［石西礁湖のサンゴ礁］
石垣島と西表島の間に広がるサンゴ礁海域である石西礁湖は、我が国を代表するサンゴ礁生態系を有しています。しかし、近年では赤土流出などの陸域からの環境負荷、高水温による白化、オニヒトデの大量発生等により大きく衰退しています。そのため、環境省では平成17年3月に策定した「石西礁湖自然再生マスタープラン」に基づいて自然再生事業を実施しています。
また、平成18年2月には、自然再生推進法に基づく自然再生協議会が発足し、多くの関係者が集まって石西礁湖の自然再生について議論しています。
自然とのふれあい活動をサポート
パークボランティア
国立公園において、自然観察会等の解説活動や美化清掃、利用施設の簡単な維持修理などの各種活動について、広く国民の参加を求め、一層の活動の充実を図るとともに、自然保護の普及啓発を図ることを目的として、これらの活動に自発的に協力して頂ける方々をパークボランティアとして登録しています。
自然公園指導員
公園を訪れる人へ利用マナーの指導や遭難事故防止のためのパトロールなどを行っています。現在、西表石垣国立公園では、14名の自然公園指導員が活動しています。
子どもパークレンジャー
［スノーケルによるサンゴの調査］
子どもパークレンジャーは全国各地の国立公園などでレンジャー（環境省の自然保護官）やパークボランティアの指導や協力のもと、小中学生のみなさんに、国立公園のパトロールや、動物や植物の調査を行う簡単なプログラムを体験してもらい、自然とふれあい、環境の大切さや社会への貢献の心を学んでもらおうという活動です。
西表石垣国立公園では石垣市内の小学校と協力し、サンゴ礁や海岸の生き物を学ぶプログラムを実施しています。
エコツーリズム
［マングローブのカヤックツアー］
西表石垣国立公園では、西表島、石垣島等で、マングローブ林の発達した河口やサンゴ礁海域、原生状態に近い亜熱帯広葉樹林等、西表石垣国立公園特有の自然を舞台として、カヤックやスノーケル、トレッキングなどのエコツアーが展開されています。