Bien que Yakushima se situe au sud de l’archipel japonais, la présence de montagnes d’une altitude de 2000 m fait que le visiteur peut admirer sur une seule île l’ensemble de la végétation de ce pays tout en longueur qu’est le Japon. La végétation naturelle du Japon est concentrée en miniature à Yakushima suivant une répartition verticale allant de la végétation côtière avec des éléments subtropicaux tels que le Ficus superba var. japonica, puis à mesure qu’on monte, des forêts de laurifères tels que Catanopsis sieboldii, des forêts de cèdres japonais, et enfin, au voisinage du sommet, des étendues de bambou nain (sasa) adapté aux régions froides, des tourbières hautes et des forêts subalpines d’arbustes. Une grande variété de plantes peut être observée à Yakushima, y compris la gentiane Gentiana yakushimensis, espèce endémique de cette île, le cèdre japonais, qui atteint sa limite sud à Yakushima, ou encore Caesalpinia crista, qui y atteint sa limite nord.