独立行政法人制度は、現行の国家行政組織が、一律に組織・定員管理や予算管理等の細かな事前規制を受けている現実を踏まえ、自主性、自律性及び透明性を高めて業務の効率的かつ効果的な実施を可能とすることを目的として創設された。
具体的には、独立行政法人化することにより、組織・定員管理も法人自らの責任で行えることとなり、予算管理面においても、いわゆる「渡しきりの交付金」として交付される運営費について法人が自らの責任で支出し、柔軟性・弾力性のある財務運営を行うことが可能となる。
これらを含め業務運営については事後チェックに重きを置くこととし、各府省において第三者機関である独立行政法人評価委員会を設け、業務実績の評価を定期的に行い、必要があれば法人に対し勧告も行うことができるような制度を導入することとしている。
(参考)環境省独立行政法人評価委員会の運営方針について[PDF 14KB]
(参考)環境省独立行政法人評価委員会令[PDF 17KB]