お使いのパソコン環境によっては、「PRTRけんさくん」を実行する際、及び「PRTRけんさくん」プログラムに付与された署名を確認する際、証明書を検証できない旨の警告メッセージが表示されることがあります。
その場合は、政府認証基盤（GPKI）のサイトから自己署名証明書（ルート証明書）を入手し、お使いのパソコンにインストールすることで解消できます。

下記リンク先に自己署名証明書の入手とインストールの方法が説明されていますのでご対応ください。
  ・政府認証基盤（GPKI）のサイトのアプリケーション認証局２（Root）自己署名証明書のページ